1. Obrábanie hlbokých otvorov je v uzavretom alebo poloudržanej stave, takže stav rezania nástroja nie je možné pozorovať priamo.
2. Rezanie tepla nie je ľahké šíriť. Všeobecne platí, že 80% rezného tepla sa odvďačia trieskami v procese rezania, zatiaľ čo len 40% v hlbokom vŕtaní otvorov. Rezný nástroj predstavuje veľkú časť rezného tepla. Je ľahké rozptýliť neskoro a prehriať, a rezná teplota môže dosiahnuť 600 stupňov. Preto sa musí prijať metóda núteného a účinného chladenia.
3. Triesky sa ľahko nevybíjajú. Vzhľadom na hĺbku otvoru a dlhú cestu čipu je ľahké blokovať, čo spôsobuje zlomenie vrtáka. Preto by sa mala kontrolovať dĺžka a tvar triesok a malo by sa vykonať povinné odstránenie triesok.
4. Tuhosť procesného systému je slabá. Vzhľadom na obmedzenie veľkosti otvoru je pomer priemeru dĺžky otvoru veľký, vrtná rúrka je tenká a dlhá, tuhosť je zlá, ľahko sa vytvárajú vibrácie a vŕtací otvor sa ľahko odchyľuje, takže je veľmi dôležité podporovať a viesť.
Aby sa vrták správne navŕtal do vrtáka, zvyčajne sa použije metóda obrábania vodidlo na obrobku alebo pomocou vodiaceho puzdra, prvý sa používa na jednodielne spracovanie a druhý sa používa na výrobu v sériovej výrobe. Chyba vŕtania hlbokého otvoru je spôsobená medzerou medzi vrtáka a vodiacim puzdrom (vodiaci otvor) a zvyšuje sa so zvýšením axiálnej sily. Vplyv voľného priestoru medzi vodiaou objímkou a vrtáka na chybu vŕtania. Na začiatku vŕtania radiálna sila pritlačí vodiaci blok vrtáka k stene otvoru vodidlo. Vzhľadom na medzeru medzi nimi sa stred vrtáka odchyľuje od rotačného stredu obrobku. V tomto čase je priemer vyvŕtaného otvoru menší ako priemer vrtáka. Keď vodiaci blok začne vstupovať do obrábaného otvoru, pod činnosťou steny otvoru s o niečo menším priemerom sa vonkajší okraj stlačí smerom von tak, aby sa stred vrtáka posunul v opačnom smere k stredu otáčania obrobku tak, aby sa priemer otvoru rozšíril a trenie medzi vodiacim blokom a stenou otvoru sa stlačí tak, aby sa vŕtací moment rýchlo zvýšil.
